『古事記』に記述があるもので出雲のオオクニヌシが高天原から降ったニニギに国譲りを承諾したとき、ただ一柱反対したタケミナカタは武神タケミカヅチに追われることとなりました。結局諏訪湖畔まで逃げてきて降伏し、その際この地から出ないことを誓って許されます。その時結界として神社の四隅を仕切った、という話が残っています。
地鎮祭の神話的表現とも考えられています。
実際には、記紀神話以前からの諏訪地方の信仰との関係が深いといわれています。
神長官守矢氏の伝えるところによるとこの御柱はミシャグジの依り代であるということです。

御柱祭